Cốt truyện của Kud Wafter chủ yếu xoay quanh cuộc sống của Naoe Riki (直枝 理樹, Naoe Riki? Lồng tiếng bởi: Tamiyasu Tomoe (chỉ phần lời bạt)) - nhân vật nam chính của Little Busters! và Little Busters! Ecstasy - và Noumi Kudryavka (能美 クドリャフカ, Noumi Kudryavka? Lồng tiếng bởi: Suzuta Miyako) - một trong các nhân vật nữ chính của trò chơi, giống như tên của tác phẩm là Kud Wafter. Kudryavka có phần kịch bản mở rộng ra hơn so với những gì đã thể hiện trong Ecstasy, mà bản thân nó cũng chính là một trong những cốt truyện chủ đề trong Little Busters! được nâng cấp lên. Trong các sự kiện của Little Busters!, Riki và Kudryavka đã tiến đến một mối quan hệ lãng mạn (tương tự như trong kịch bản của các nhân vật nữ chính khác), và Kud Wafter diễn ra lúc kì nghỉ hè đã bắt đầu và sau khi chuyến dã ngoại trong Little Busters! kết thúc yên bình[3]. Các thành viên khác của Little Busters đã trở về nhà để nghỉ ngơi, để lại Riki và Kudryavka trải qua mùa hè của riêng họ trong ký túc xá ở trường. Tuy nhiên, khu ký túc xá nam đang phải xây mới lại do có vấn đề với hệ thống ống nước, khiến Riki phải lang thanh không nhà cửa. Vì Kudryavka không có bạn cùng phòng, cô đã đề nghị Riki tạm sống chung với mình cho đến khi ký túc xá nam đã hoàn tất việc tu sửa, và Riki chấp nhận. Riki và Kudryavka cố gắng tránh để mọi người trong ký túc xá phát hiện ra họ do quy định không cho phép nam và nữ cùng sống trong một phòng[3].

Một cô gái khác cũng sống trong ký túc xá là Himuro Yuuki (氷室 憂希, Himuro Yuuki? Lồng tiếng bởi: Okukawa Kumiko), Kudryavka quen biết và từng là bạn cùng phòng với cô một thời gian khi còn ở Nga, quê hương của Kudryavka; Yuuki mang trong người một nửa dòng máu Nhật Bản, một phần tư người Đức và một phần tư người Nga. Cô là hội trưởng câu lạc bộ khoa học ở trường và đã tham gia vào một chương trình giao lưu văn hóa. Mỗi ngày, Yuuki yêu thích nghiên cứu nhiều dự án và thí nghiệm kỳ lạ khác nhau và có thể được mô tả như là một thiên tài logic[4]. Quản lý ký túc xá nữ là Futaki Kanata (二木 佳奈多, Futaki Kanata? Lồng tiếng bởi: Suzuki Keiko), một trong số những nhân vật chính cùng với Kudryavka và Riki trong Little Busters! Ecstasy. Kanata là bạn tốt của Kudryavka, cô cũng tạo ra một số tác động đối với mối quan hệ giữa Kudryavka và Riki[5]. Kanata là người kế nhiệm vị trí quản lý ký túc xá của một nữ sinh năm thứ ba gọi là "A-chan" (あーちゃん, "A-chan"? Lồng tiếng bởi: Rita). Từ khi A-chan từ chức, các quy định ở ký túc xá phần nào thoải mái hơn, nhưng cô vẫn còn là trợ lý của Kanata. A-chan là hội trưởng câu lạc bộ kinh tế gia đình, tổ chức mà Kudryavka đang là thành viên, cô thích những thứ thú vị và kì lạ[6].

Một bé gái có tên Arizuki Shiina (有月 椎菜, Arizuki Shiina? Lồng tiếng bởi: Ayase Nana) luôn muốn giành chiến thắng trong cuộc thi phóng tên lửa nước và trở thành bạn của Kudryavka và Riki trong lúc đang tìm kiếm một vỏ chai nhựa thích hợp làm thân tàu. Shiina là một cô bé luôn vui vẻ, hoạt boát và chơi đùa không biết mệt, cô thậm chí không có một chút e dè nào khi nói chuyện với người lạ[7]. Shiina nuôi một con chó thuộc giống Wales Corgi tên là Ōsumi, cô xem nó như thú cưng của mình. Mơ ước của cô là trở thành một phi hành gia, nhưng gia đình Shiina lại phản đối chuyện này. Mẹ cô là một tác giả sách hình và cô còn có một chị gái, Arizuki Ui (有月 初, Arizuki Ui? Lồng tiếng bởi: Asari), nữ sinh năm hai trung học và cũng sống trong ký túc xá, mặc dù nhà của cô khá gần trường. Ui là hiện thân của những người mất lòng tin vào việc đạt được ước mơ. Cô tiết kiệm hết mức số tiền mẹ đưa và làm việc bán thời gian tại một nhà hàng gia đình[8]. Ui đã từng chơi lacrosse, nhưng đã phải giải nghệ vì chấn thương.